Η Γενική Γραμματεία Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων είναι αρμόδια για τη χάραξη και την εφαρμογή ολοκληρωμένης πολιτικής και στρατηγικής για την οργάνωση, λειτουργία, ανάπτυξη και αξιοποίηση των λιμένων της χώρας. 
Εισηγείται προτάσεις για τη διαμόρφωση και εφαρμογή της εθνικής λιμενικής πολιτικής για σύγχρονη, αποτελεσματική και οικονομικά ανταποδοτική λειτουργία των λιμένων της χώρας, τη βελτίωση των όρων, των συνθηκών και της ποιότητας των παρεχόμενων λιμενικών υπηρεσιών, καθώς και την ενίσχυση της ανταγωνιστικότητάς τους στην παγκόσμια αγορά. 
Διαμορφώνει τις θέσεις του Υπουργείου για τον καθορισμό του ρόλου των λιμένων στο εθνικό σύστημα μεταφορών και στο διευρωπαϊκό δίκτυο μεταφορών, καθώς και των λειτουργιών τους στο πλαίσιο του ελεύθερου και θεμιτού ανταγωνισμού. 
Συμμετέχει σε διεθνείς και Ευρωπαϊκούς οργανισμούς, συντονίζει όλες τις ενέργειες για την υποστήριξη των οργανισμών αυτών σε θέματα δικαιοδοσίας της  και προωθεί όλα τα αναγκαία μέτρα για την εναρμόνιση του εθνικού δικαίου με το Ευρωπαϊκό δίκαιο και τις διεθνείς νομοθεσίες.
Μεριμνά για το σχεδιασμό και την προώθηση μέτρων για την ανάπτυξη του θαλάσσιου τουρισμού, την προσέλκυση ναυτιλιακών επενδύσεων στο λιμενικό και παραναυτιλιακό τομέα και την προαγωγή του αναπτυξιακού περιβάλλοντος της ναυτιλίας ως παράγοντα ενίσχυσης της εθνικής οικονομίας. Παράλληλα, υποστηρίζει το Φορέα σε κτιριακές υποδομές. 
Στη  Γενική Γραμματεία Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων υπάγεται η Γενική Διεύθυνση Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων, η οποία συγκροτείται από τις  παρακάτω οργανωτικές μονάδες:
I. Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής,
II. Διεύθυνση Λιμενικών και Κτιριακών Υποδομών,
III. Διεύθυνση Ναυτιλιακών Επενδύσεων και Θαλάσσιου Τουρισμού,
IV. Αυτοτελές Τμήμα Πλοηγικής Υπηρεσίας
 
Στοιχεία Επικοινωνίας Γενικής Γραμματείας Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων
Ταχυδρομική Διεύθυνση : Ακτή Βασιλειάδη Πύλη Ε1-Ε2, ΤΚ 18510 Πειραιάς
Τηλέφωνο : 213 137 -4716, -4717
Fax : 210 4614109